Instytut Antropologii i Archeologii wywodzi się z Katedry Archeologii utworzonej w 1994 r. przy Wydziale Historycznym Wyższej Szkoły Humanistycznej im. Aleksandra Gieysztora.

            W roku 1997 Katedra Archeologii została przekształcona w Międzywydziałową Katedrę Antropologii i Archeologii o tym samym profilu dydaktycznym, który pozostawał nadal w bezpośredniej więzi z programem kierunku „Historia”.

            W roku 1999 roku Katedra została przemianowana na Międzywydziałowy Instytut Antropologii i Archeologii, rozszerzając swoja propozycje dydaktyczną oraz przystępując do badań archeologicznych na dużą skalę, tak w Kraju jak i zagranicą. Program badań archeologicznych umożliwiał udział w nich własnych studentów, stając się praktycznym uzupełnieniem zajęć teoretycznych i przygotowaniem do przyszłej pracy zawodowej.   

W związku z rozszerzaniem się zakresu badań archeologicznych oraz przygotowywaniem do publikacji wyników prac wykopaliskowych, został w roku  2004 powołany w obrębie Instytutu Zakład Badań Archeologicznych, który w 2009 roku został rozwiązany. Na jego miejsce powołano Zakład Antropologii oraz Zakład Kultur Afryki. 

            Istotne poszerzenie oferty dydaktycznej nastąpiło w roku 2006, kiedy to Instytut otrzymał uprawienia do prowadzenia kierunku studiów w zakresie „Archeologia” i mógł przystąpić do rekrutacji na nowych zasadach, zgodnych z obowiązującymi na innych polskich uniwersytetach. 
            8 maja 2010 roku Senat Akademii Humanistycznej im. Aleksandra Gieysztora podjął uchwałę o umieszczeniu Międzywydziałowego Instytutu w strukturach Wydziłu Historycznego AH, zmieniając jego nazwę na: Instytut Antropologii i Archeologii.

            Istotną sprawą od momentu powstania Katedry a później Instytutu stało się traktowanie dydaktyki w duchu antropologii kulturowej,  oznaczało to przyswajanie doświadczeń amerykańskich w wykorzystywaniu światowego dorobku etnologii i etnografii dla uzyskania głębszej interpretacji znalezisk archeologicznych. Dlatego też w katalogu oferowanych zajęć znalazła się antropologia kulturowa oraz fizyczna, wykłady ze sztuki pradziejowej – jako jedyne w kraju – ale także archeologia basenu Morza Śródziemnego ze szczególnym naciskiem na egiptologię. Nasz Instytut stał się jednym z nielicznych miejsc w Polsce, gdzie można nauczyć się  odczytywania hieroglifów egipskich. Dominujący nurt dydaktyki skierowany jest – podobnie jak w innych uczelniach typu uniwersyteckiego – na nauczanie pradziejów i wczesnego średniowiecza Polski, na tle europejskim. Wykładem unikatowym jest archeologia Skandynawii, prowadzona przez wybitnego znawcę Wikingów.

             Instytut prowadzi ponadto seminarium doktoranckie liczące w chwili obecnej 23 doktorantów. Wcześniej – w 2005 roku – dwóch uczestników seminarium uzyskało od Rady Naukowej Wydziału Historycznego stopnie doktorskie. Kilku doktorantów wkrótce przystąpi do obrony swych prac.